O edifício do Palácio Nacional da Ajuda não foi construído sem transtornos. A estrutura que hoje se vê não é a original. O palácio foi originalmente planeado como residência de verão na primeira metade do século XVIII pelo Rei João V, mas a construção só começaria após o Paço da Ribeira, a residência real na Baixa de Lisboa, ter sido destruído por um terramoto em 1755.
O primeiro Palácio da Ajuda era feito de madeira, mas sofreu um incêndio em 1794. Depois foi construído o edifício atual mais resistente ao fogo. Até hoje são realizadas as cerimónias protocolares e de representação do Estado no palácio.